Quận Malheur được thành lập ngày 17 tháng 2, 1887 từ phần phía nam của Quận Baker. Ban đầu nó được các thợ mỏ và chăn nuôi gia cầm định cư vào đầu thập niên 1860. Việc khám phá ra vàng vào năm 1863 đã thu hút thêm sự phát triển, bao gồm các khu định cư và nông trại. Người Basque định cư trong vùng này vào thập niên 1890 và chính yếu là chăn nuôi cừu.